En 1981 en Santa Cruz, con dos goles de Jairzinho, Wilstermann fue el primer club boliviano en superar la fase de grupos y pasar a lo que entonces se conocía como semifinal. Fue en un desempate en puntos en el primer lugar de su serie con The Strongest. El resultado final fue 4 a 1 para los rojos. El equipo aviador enfrentó en la siguiente instancia en un triangular a Flamengo y Deportivo Cali, desafío que no pudo superar.
Desde entonces hasta hoy (incluida la clasificación de Bolívar en 2023), los cuadros nacionales superaron la fase de grupos en 28 ocasiones.
Bolívar es de lejos el equipo boliviano con mayor número de participaciones en esas instancias: llegó 14 veces a octavos (en 1986, igual que ocurrió con Wilstermann, directamente a un triangular semifinal contra Olimpia y América de Cali), 5 veces a cuartos y 1 vez a semifinal. La de 2014 fue probablemente, por el difícil camino de pasar octavos y cuartos, la actuación más exitosa de un club nacional en la Libertadores. Disputó la fase semifinal frente a San Lorenzo de Argentina. Se destacaron en ese equipo Quiñonez, Álvarez, Eguino, Cabrera, Gutiérrez, Sánchez Capdevila, Yecerotte, Chávez, Callejón, Arce y Tenorio, bajo la conducción técnica de Xabier Azkargorta. Pero el partido de ida desinfló la gran ilusión, en el Nuevo Gasómetro San Lorenzo vapuleó a los celestes por 5 a 0, en la vuelta en La Paz la Academia salvó el honor con un estrecho triunfo por 1 a 0 con gol de Yecerotte.
Han logrado también dar el salto de la fase de grupos:
Blooming que en 1985 pasó también directamente a un triangular semifinal frente a Independiente y Argentinos Juniors.
Oriente que en 1988 fue el primer club en pasar a octavos y a cuartos, tras dejar en el camino en octavos a Colo Colo. Volvió a octavos en 1991 y 1997.
The Strongest lo logró en 1990, 1994 y 2014.
En 1994, por única vez se enfrentaron en octavos dos cuadros bolivianos: Bolívar y The Strongest. Los celestes ganaron ambos encuentros en el Siles (2-1 y 4-0).
En 1996 le tocó a San José.
Wilstermann pasó por segunda vez a octavos en 1999, luego en 2017 y 2020. En 2017 llegó a cuartos frente a River. Su categórico triunfo por 3 a 0 en Cochabamba parecía augurar un batacazo boliviano, pero en la vuelta en el Monumental fue goleado por 8 a 0.
En 2015 lo consiguió Universitario de Sucre, convirtiéndose en el séptimo club boliviano en superar la fase de grupos hasta hoy.